Freenode ban đầu chỉ là một kênh hỗ trợ một nhóm 4-người sử dụng Linux được gọi là #LinPeople trên EFnet, một mạng IRC khác. Năm 1995 sau khi chuyển đến Undernet và sau đó DALnet nó chuyển từ không chỉ là một kênh mà thành mạng irc.linpeople.org. Vào đầu năm 1998, nó đã đổi thành Open Projects Net (OPN) với khoảng 200 người dùng và dưới 20 kênh.[11] Các OPN sớm triển để trở thành mạng lớn nhất cho cộng đồng phần mềm tự do, và lớn thứ 20 trên thế giới. Năm 2002 đổi tên thành freenode và trung tâm Peer-Directed (PDPC) được thành lập.[12] PDPC là một tổ chức từ thiện đã đăng ký IRS 501 (c) (3) từ năm 2002[6] cho đến khoảng năm 2010,[13] trong thời gian đó nó đã nhận được sự hỗ trợ từ các tổ chức như Quỹ Linux trong năm 2007.[14]

Ngày 24/5/2006, một người dùng có nickname "ratbert" được giành được quyền quản trị viên mạng của freenode từ Rob Levin (lilo) và nắm quyền kiểm soát mạng này. Có khả năng là khoảng 25 mật khẩu người dùng đã bị đánh cắp như vậy.[15] Thành viên này trao cho K-line nhiều thành viên của freenode, và hầu hết các máy chủ freenode sau đó đã bị sập trong vài giờ.[16]

Khoảng ngày 30/1/2010, một cuộc tấn công mới được phát hiện trên freenode mà chưa bao giờ được thấy trước đó. Tổ chức troll Internet Gay Nigger Association of America, nổi tiếng với trang web gây sốc Last Measure, tạo nên một mẫu JavaScript khiến cho những người dùng của Firefox, cũng như SeaMonkey và Mozilla âm thầm kết nối với freenode và "làm ngập lụt" nó. Khai thác này sử dụng một khả năng của Firefox là gửi đi các báo cáo web đến một cổng khác với cổng 80 (cổng mặc định của HTTP). Trong khi các nhà phát triển Firefox đã chặn hầu hết các cổng một thời gian trước đây,[17] cổng 6667, cổng cho IRC lại không bị chặn.[18][19]

Ngày 02/2/2014 freenode bị tấn công DDoS (có xác nhận của @freenodestaff trên Twitter) đã gây ra một mất sự cố cục bộ.[20]

Ngày 22/2/2014 freenode bị một cuộc tấn công DDoS khác (có xác nhận của @freenodestaff trên Twitter)[21] gây ra sự cố cục bộ tiếp theo bởi nhiều botnet cố gắng tấn công #freenode nhưng đã được chuyển hướng đến # freenode-unreg. Sau các vụ tấn công một số máy chủ vẫn bị null route bởi các nhà cung cấp của chúng và trong một khoảng thời gian ngắn chỉ có một máy chủ duy nhất trong vòng luân chuyển là chấp nhận kết nối.[22]

Ngày 13/9/2014 một cuộc tấn công DDoS làm cho mạng này bị chia cắt trong vòng vài giờ tiếp theo bởi nhiều cuộc tấn công botnet trong kênh #freenode và chống lại các dịch vụ của freenode. Đội bên dưới của freenode nhận thấy một lỗ hổng trong một trong các máy chủ IRC của họ. Cho đến nay nhóm nghiên cứu đã xác định được dấu hiệu của máy chủ đang bị gây tổn hại bởi một bên thứ ba không rõ. Freenode khuyến cáo rằng tất cả người dùng thay đổi mật khẩu NickServ của họ vì lý do an toàn, và đã tạm thời đưa các server bị tổn hại ra offline cho đến khi các lỗ hổng được vá.[23] Một phân tích kỹ thuật chuyên sâu của rootkit được sử dụng trong các cuộc tấn công đã được phát hành vào ngày 14/10/2014.[24]